审计署驻重庆特派办成立五年来，重庆市委、市政府一直关心该办的发展，从多方面给予支持，对该办的工作给予了悉心指导和充分肯定，并加强沟通，密切配合，督促审计整改，为该办认真履行监督职能提供了良好的环境，助推了该办的发展壮大。五年来，重庆市委、市政府主要领导先后10多次听取工作汇报，视察指导工作5次。
一是加强沟通。建立了联系机制，通过定期和不定期的见面会，报送年度工作报告、专项审计报告、移送处理书等材料，畅通沟通渠道，及时、全面地了解该办的工作情况、掌握审计动态。市长王鸿举、常务副市长黄奇帆十分关注该办的工作报告和审计信息，先后做出重要批示4次。如市长王鸿举在该办报送的涉农审计情况报告上批示肯定，该办开展涉农资金审计紧扣了新农村建设这个主题，对于保证政策性资金的规范使用，堵塞资金漏洞，提高使用效益起到了促进作用；对三峡移民资金审计的批示，肯定了该办以促进三峡移民资金和移民工程规范管理、确保移民资金安全和效益提高为目标，依法履行审计监督职责，真正体现了审计为民、审计促和谐、审计促发展的思想。在该办建办五周年之际，市长王鸿举题词“和谐社会的建设者，国有资产的保护神”，对该办审计工作寄予很高期望。
二是配合支持。市领导通过批示文件、直接召开专题会议等方式，多次强调财政、税务、工商、纪检、监察和司法部门要树立大局意识，作为被审计单位，要积极配合审计工作；作为协查单位，要大力支持调查取证，互通信息、资源共享，形成监督合力。在2005年重庆市中小学危房改造工程资金专项审计调查中，市政府要求区县政府和市教委全力配合重庆办的工作，抽调市教委十名骨干参加审计组对各区县中小学危房改造的延伸调查，保证了审计组高效率、高质量地完成审计任务。
三是督促整改。市委、市政府对审计查出的问题不手软、不护短。一方面，支持该办将查出的重大违纪违规问题如实上报审计署；另一方面，对审计反映的违规问题和管理不规范问题，高度重视，认真研究，全面部署，督促有关单位和部门积极整改。如查出重庆市某区政府违规征用土地的问题后，市政府果断采取措施，在全市范围内进行通报，责成该区政府对近两年的征地申请进行检查，对违规征地问题提出具体整改措施，追缴欠缴的土地出让金，对有关责任人员由纪检监察部门核查后，进行严肃处理。对在水利、农村公路、中小学危房改造、重庆农行、三峡移民几个涉农审计项目中查出的问题，市长王鸿举批示要求市交通、水利、移民、教育等部门高度重视，切实整改到位。
据统计，五年来，该办独立开展审计（调查）项目共计42个，审计查出各类违法违规问题金额47亿多元；向纪检司法部门移送重大案件线索6件，涉案金额29亿元；向主管部门移送处理45件。上报审计信息161篇，被审计署采用44篇，被中办采用20篇，被国办采用32篇，党和国家领导人批示32篇，转送部委10篇。